Laboratórium biomedicínskeho inžinierstva poskytuje základ pre štúdium a vedecko-výskumnú činnosť v oblasti problematiky technickej a informačnej podpory biomedicíny. Materiálovo-technické zabezpečenie predstavuje súhrn hardvérových zariadení a softvérových prostriedkov (napr. zosilňovač biomedicínskych signálov BIOPAC MP-36, pacientsky simulátor FLUKE ProSim2). Ide o vysoko kvalitné a citlivé zariadenia pre snímanie biosignálov a ich simulovanie. Ďalej laboratórium disponuje humanoidným torzom, ktoré slúži ako viacúčelový simulátor pacienta (Hal® Gaumard). Medzi ďalšiu prístrojovú techniku sa radí 3D skener CREAFORM 3D Scanner Go!Scan. Zo softvérového vybavenia laboratórium disponuje softvérom pre návrh DPS CADSOFT EAGLE, výpočtovým softvérom MATLAB a softvérom pre numerické simulácie CST Studio EMC. V tomto laboratóriu pracujú doktorandi KTEBI v rámci svojho štúdia a pri vypracovávaní doktorandských dizertačných prác a taktiež študenti bakalárskeho a inžinierskeho stupňa študijného odboru Biomedicínske inžinierstvo pri vypracovávaní bakalárskych a diplomových prác, ako aj ročníkových projektov.

Laboratórium elektroniky slúži na experimentálne práce zamestnancov, doktorandov a študentov končiacich ročníkov bakalárskeho a inžinierskeho štúdia. Hlavné zameranie laboratória je v oblasti návrhu, vývoja a testovania elektronických zariadení. Vývoj je zameraný hlavne na lekárske diagnostické prístroje a senzorické systémy pre biomedicínske aplikácie. Vzhľadom na účel laboratória je laboratórium vybavené spájkovacími stanicami, osciloskopmi, laboratórnymi zdrojmi, signálovým generátorom a multimetrami. Súčasťou laboratória je aj 3D tlačiareň XYZprinting sa Vinci Super určená predovšetkým na tlač špecifických obalov a puzdier pre vyvíjané elektronické zariadenia a senzory.

Laboratórium vplyvu EMP na živé organizmy je špecializované na výskum  netepelných účinkov nízkofrekvenčného elektromagnetického poľa na mikrobiologické systémy. Vedecko-výskumná činnosť je primárne zameraná na sledovanie netepelných účinkov exogénneho nízkofrekvenčného elektromagnetického poľa na dynamiku rastu bunkových kultúr, s čím je spojený aj výskum progresívnych kvantifikačných metód hodnotenia biologickej odpovede. V rámci tejto výskumnej úlohy sa realizuje inokulácia a  kultivácia mikrobiologických vzoriek, ožarovanie vzoriek a mikroskopické počítanie buniek pomocou Burkerových počítacích komôrok. Laboratórium tiež poskytuje možnosť merania bio-elektrodynamických vlastností jednotlivých buniek pomocou patch-clamp techník. S výskumným zameraním laboratória korešponduje aj jeho špecializované prístrojové vybavenie: inkubátor Q-cell 240, PCR box ESCO, širokopásmový zosilňovač excitačných signálov Hubert A1110-16, zariadenie na vyhodnocovanie optickej hustoty roztokov Taitec OD evaluation system, digitálne multimetre, signálový generátor a komplexné zariadenie na elektrofyzilogické merania (Faradayova klietka, TMC Air table 900 x 1200 mm, inverzný mikroskop s kamerou ZEISS Primo Vert, automatizovaný systém na meranie elektrofyziologických vlastností buniek ChannelMAX 100A Mini, mikromanipulátor, vertikálna ťahačka mikropipiet Sutter Instruments P-30 a ďalší laboratórny materiál). Laboratórium využívajú na vedecko-výskumné účely zamestnanci katedry, študenti doktorandského štúdia, ale aj študenti bakalárskeho a inžinierskeho stupňa štúdia odboru Biomedicínske inžinierstvo v rámci realizácie svojich záverečných prác.

Laboratórium elektromagnetických metód je účelové laboratórium, určené najmä pre napĺňanie cieľov vedecko-výskumnej činnosti katedry, v oblasti elektromagnetického poľa a využitia elektromagnetických javov. Primárnym zameraním riešených problémov je problematika elektromagnetických metód nedeštruktívneho vyšetrovania elektricky vodivých biomateriálov, najmä využitím metódy vírivých prúdov. V laboratóriu je možnosť realizácie numerických simulácií ako aj potrebných experimentov. K tomuto účelu je laboratórium vybavené softvérovými prostriedkami pre simulácie EM polí a taktiež nástrojmi virtuálnej inštrumentácie (OPERA, CIVA, CST Studio Suite, LabVIEW). Pre uskutočnenie meraní sú k dispozícii: riadené trojosové manipulačné rameno, profesionálne vírivo-prúdové prístroje (Olympus, Rohmann), záznamové karty pre zber a spracovanie dát (National Instruments), generátory signálov (Agilent, Texas Instruments), číslicové selektívne zosilňovače (Signal Recovery DSP), výkonové zosilňovače (Krohn-Hite) a potrebná senzorická časť, spolu s meracími sondami komerčného typu aj vlastnej výroby, určenými najmä pre realizáciu metódy vírivých prúdov.

V laboratóriu experimentálnej elektrotechniky sa realizujú zapojenia, ktoré pomáhajú študentom pochopiť základné zákony elektrotechniky, overiť ich platnosť a naučia študentov merať elektrické veličiny a parametre na reálnych príkladoch. Laboratórium je taktiež určené na vývoj, konštrukciu, testovanie a pochopenie princípov elektronických zariadení a senzorov používaných v oblasti biomedicíny.  K tomuto účelu je laboratórium vybavené väčším počtom meracích prístrojov (multimetre, osciloskopy), elektrických prvkov, zdrojov elektrickej energie (laboratórne zdroje, signálové generátory) a spájkovacích staníc. Laboratórium je vybavené aj modernými meracími zariadeniami, ktoré využívajú podporu PC a tak umožňujú počítačovú analýzu nameraných veličín. V súčasnej dobe prechádza laboratórium rozsiahlou rekonštrukciou.